Le référé du 31 août 2011 de la Cour des Comptes sommait l'ANACT d'accélérer sa réorganisation « analytique » pour « justifier le principe et le niveau des subventions pour charges de services publics et l'exemption, tant des règles du droit de la concurrence que de la commande publique ».

Dans sa réponse adressée le 17 novembre au président de la Cour des Comptes, Xavier Bertrand, le Ministre du Travail (tutelle de l'ANACT) défend l'agence en louant l'originalité d'un « paritarisme de projet, très opérationnel » qui ne se borne pas à un simple paritarisme de gestion.

• L’ANACT, un prestataire pas comme les autres...